Keberadaan dan perkembangan Institusi Departemen Agama yang terkait dan mengikuti perkembangan Agama Hindu di tanah air Indonesia :
Tanggal 3 Januari 1946, Kamis Paing Langkir, Departemen Agama mulai ada dalam Kabinet RI. Karena itu setiap tanggal 3 Januari HUT Departemen Agama diperingati dengan sebutan Hari Amal Bakti Departemen Agama. Bagian Hindu Bali belum ada, baru kemudian ada setelah ada usaha atau perjuangan oleh para pemuka/tokoh umat Hindu di Bali. Pada tahun 1951 di Singaraja yang ibu kota Propinsi Sunda Kecil (Nusa Tenggara) dibentuk Kantor Agama Propinsi Nusa Tenggara dengan kegiatan Bidang Urusan, Penerangan dan Pendidikan. Pegawai atau Pejabat Hindu Bali di kantor tersebut ada, Kepala Kantor Agama pada saat itu adalah Raden Gunawan.
Pemerintah Daerah Otonom Daerah Bali membentuk Dinas Agama Otonom Daerah Tk. I Propinsi Bali dan Tingkat II/Kabupaten se Bali, menyusul kemudian diresmikan adanya Kantor Urusan Agama Hindu Bali Kecamatan. Instansi Dinas Agama Tk. I dan Tk. II Otonom Daerah Bali tidak ada hubungan struktural vertikal dengan Kantor Agama Propinsi Nusa Tenggara.
Tanggal 1 Oktober 1958 mulai ada diangkat Guru Agama Hindu SD. Yang diambil dari guru-guru SD. Yang telah mengikuti kursus Agama Hindu Bali selama 3 minggu di Denpasar (Perguruan Dwijendra) angkatan I bulan Maret 1958. Setelah itu ada Angkatan II dan seterusnya pada bulan-bulan berikutnya. Status guru SD yang dibawah Dinas Pengajaran dialihkan ke Dinas Agama.
Pemerintah Pusat c.q. Departemen Agama menerima ada Bagian Hindu Bali, hasil perjuangan para tokoh atau pemuka umat dan Pemda Otonom Daerah Bali. Tindak lanjut berikutnya dipandang perlu dibentuk Lembaga atau Majelis Umat Hindu Bali yang menjadi partner kerja Pejabat Hindu Bali Departemen Agama.
Tanggal 7 Oktober 1958 dilangsungkan pertemuan di Balai Masyarakat Denpasar, persiapan pembentukan Lembaga Umat dengan nama Hindu Bali Sabha :
Ketua : Dr. Ida Bagus Mantra
Wakil Ketua : Made Wedastra Suyasa
Sekretaris : I Gst. Ngurah Gede
Anggota : I Gst. Bagus Sugriwa
Tanggal 6 Desember 1958 dilangsungkan pertemuan lengkap Panitia dan Pejabat Bagian Hindu Bali Pusat yaitu I Nyoman Kadjeng dan Oka Diputhera, utusan Lombok yaitu Ida Made Oka, I Wayan Mangku, Ida Pedanda Gd. Md. Pidada.
Tanggal 29 Januari 1959 Panitia Perancang Pembentukan Hindu Bali Sabha mengundang untuk mengadakan pertemuan dengan Pimpinan Organisasi Keagamaan Hindu di Bali, menetapkan Panitia Penyelenggara sebagai berikut :
Ketua : Dr. Ida Bagus Mantra
Wakil Ketua : I Gst. Ananda Kusuma
Sekretaris : I Gst. Bagus Manthara
Wk. Sekretaris : I Putu Serangan
Bendahara : Ida Bgs. Wayan Gede
Pada saat itu Ketua Panitia Agama Hindu Bali di Singaraja yaitu Bapak Ketut Sukerata datang namun sakit, sehingga tidak bisa mengikuti pertemuan-pertemuan yang dilangsungkan.
Tanggal 21 – 23 Pebruari 1959 dilangsungkan Pertemuan/Musyawarah se Bali, berhasil ditetapkan berdirinya Lembaga Tertinggi Umat Hindu Bali dengan nama : Parisada Dharma Hindu Bali yang disingkat dengan sebutan Parisada, terdiri dari 2 kelompok yaitu Pesamuan Sulinggih 11 orang, Pesamuan Walaka 22 orang.
Pengurus Harian yaitu :
Ketua Umum : Ketua Pesamuan Sulinggih
Ketua I : Ketua Pesamuan Walaka
Ketua II : Wakil Ketua Pesamuan Sulinggih
Ketua III : Wakil Ketua Pesamuan Walaka
Sekretaris Jendral : salah seorang dari Pesamuan Walaka
Pengurus Pleno yaitu : Pengurus Harian dan Ketua serta Anggota Seksi (I-V).
Agama di Campuhan Ubud Gianyar, menghasilkan berbagai ketetapan/keputusan sebagai Program Kerja Jangka Panjang Parisadha Pusat dalam bidang Dharma agama dan Dharma Negara.
Tahun 1963, terhitung mulai tanggal 10 Juli 1963 instansi Dinas Agama di Bali digabung menyatu dengan instansi Kantor Agama bawahan Departemen Agama, dibentuk Kantor Agama Wilayah Bali Selatan (untuk 6 Kabupaten) dan Kantor Agama Wilayah Bali Utara (Kab. Buleleng dan Kab. Jembrana). Perkembangan berikutnya setelah berlaku Kepres 44 dan 45, Keputusan Menteri agama No. 18/1975 tentang Instansi Kantor Agama menjadi Kanwil Departemen Agama Propinsi, Kantor Departemen Agama Kabupaten.
Terbitnya Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 1975 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama, maka dari situlah Kantor Perwakilan Departemen Agama diseluruh wilayah Indonesia berubah nama menjadi Kantor Departemen.